Lorsque dans la nuit du 3 au 4 juillet les soldats viennent réveiller le petit Louis Charles et l'enlever à sa mère, l'enfant ne se doute pas que c'est la dernière fois qu'il embrasse les siens. 
Son père Louis XVI a été guillotiné quelques mois plus tôt. Entendant l'immense clameur "Vive la République" montée des rues de Paris vers les fenêtres de leur prison, Marie Antoinette a compris le drame. Etouffant ses larmes, elle s'est agenouillée devant son fils et a chuchoté pour ne pas être entendue des gardes la phrase issue des temps immémoriaux "Le roi est mort ! Vive le roi !"
Louis-Charles âgé de 8 ans, devient de ce jour Louis XVII et doit, si Dieu le veut, régner un jour sur la France.
Mais les révolutionnaires en décident autrement.
Leur haine de la monarchie est telle, qu'ils veulent retirer l'enfant des bras de sa famille car ils pensent qu'elle a une mauvaise influence sur lui. Le petit Louis-Charles est donc séparé des siens pour être confié à la garde du cordonnier Simon. Il est installé avec sa nouvelle "famille" dans un appartement de la prison du Temple, et toujours prisonnier, il n'a pas le droit de sortir...

A 10 heures du soir donc, ce 3 juillet, alors que Louis-Charles dort profondément dans son petit lit de la prison du Temple, un groupe d'hommes envahit la chambre. Pendant qu'ils s'approchent pour se saisir du Dauphin, l'un d'entre eux lit le décret ordonnant que l'enfant soit immédiatement séparé de sa famille.
Marie Antoinette les regarde entrer stupéfaite mais en entendant la lecture du décret elle se jette devant son fils, faisant barrage de son corps :"Jamais !"crie-t-elle.
Les gardes s'approchent malgré tout, grondent et menacent; la reine s'interpose à nouveau, supplie et pleure mais rien n'y fait, ils sont intraitables il faut obéir aux ordres.
Au bout d'une heure de vaines discussions entre les soldats et la reine tenant contre elle son fils, Marie Antoinette cède la mort dans l'âme. Mais le petit Dauphin hurle et s'accroche, il ne veut pas la quitter. En larmes, la reine l'habille et, l'embrassant tendrement une dernière fois, elle le tend à ses geôliers.
Sitôt sorti de la pièce, Louis Charles est amené dans l'ancienne chambre de son père et confié à Simon qui a été choisi par la Convention pour élever ce fils de roi.
Pendant deux jours le petit garçon est inconsolable et ne cesse de pleurer. Sa mère l'entend à travers les murs de la prison mais il lui est impossible de le voir et de le consoler. Elle tente parfois de l'apercevoir lorsqu'il se promène dans le jardin à travers les planches mal jointes qui bouchent la fenêtre.
En quelques semaines Louis-Charles est devenu méconnaissable; terrifié par les coups que lui assène Simon lorsqu'il ne sait pas biens ses leçons, il a fini par connaître toutes les chansons révolutionnaires à la mode qu'il chante à tue-tête. Coupé de sa famille et de son éducation, il oublie tout ce qu'il représente. Sous les ordres de Simon, il finit par signer une déclaration contre sa mère qui est utilisée contre Marie Antoinette à son procès.
Mais après l'exécution de Marie Antoinette au mois d'octobre, le cordonnier Simon renonce à sa qualité de précepteur de l'enfant royal.
Louis-Charles est alors enfermé pendant 6 mois dans une pièce obscure et humide du Temple. On ne vient plus guère le voir, sa seule visite est son nouveau gardien qui lui apporte à manger mais se soucie bien peu de lui. L'enfant ne sait toujours pas ce qu'est devenu sa famille, se souvient-il même d'elle? sa tante Elisabeth qui a été emprisonnée avec eux a été guillotinée. Sa soeur Marie Thérèse est toujours emprisonnée au Temple, elle aussi laissée dans l'ignorance de ce que sont devenus les siens. L'un et l'autre ne se doutent pas que seuls quelques mètres les séparent...
Les mauvais traitements que subit le dauphin aboutissent à le rendre très gravement malade. En 1795 ses gardiens finissent par alerter le gouvernement que l'enfant a "une indisposition et des infirmités qui paraissent prendre un caractère grave". On se décide à chercher un médecin qui diagnostique une tuberculose généralisée impossible à soigner.

Et en effet, le 8 juin 1795 Louis XVII s'éteint dans les bras de son gardien ému par l'état de l'enfant. Un médecin est dépêché sur place avec des représentants du gouvernement pour autopsier le corps. Alors que les autres ont le dos tourné, le médecin parvient à prélever le coeur de l'enfant et à le cacher dans sa poche. Personne n'a rien vu; comme si de rien n'était, on met l'enfant dans un cercueil qu'on enterre au cimetière Sainte Marguerite dans le quartier de la Nation...
Quant au coeur de Louis XVII, le médecin sans en parler à personne le met dans de l'alcool pour le conserver, et le cache derrière les livres de sa bibliothèque jusqu'à des temps plus calmes où il pourra, espère-t-il, le rendre à la famille.

Mais lorsque la Révolution se termine, un bruit court comme quoi Louis XVII aurait pu s'échapper de la prison du Temple; l'enfant mort au Temple ne serait pas l'enfant royal mais un enfant de substitution. De nombreuses personnes disent être le Dauphin. Le plus fameux de ces usurpateurs est le comte de Naundorff. Face à ces gens qui disent être son frère, Marie Thérèse, enfin libérée et mariée au duc d'Angoulême - fils du nouveau roi Charles X - préfère rester silencieuse et les ignorer. Selon elle, son frère est bien mort au Temple. Elle ne veut plus entendre parler de ce terrible passé si plein de douloureux souvenirs...

Bien des années sont passées quand enfin les descendants de la famille du médecin remettent le coeur à la famille royale. Celui-ci est mis dans une urne et conservé avec vénération. Mais le doute demeure... est-ce vraiment le coeur de Louis XVII ? Ou celui d'un autre enfant? Le comte de Naundorff peut-il être Louis XVII ?

La réponse à ce mystère de l'histoire est élucidé plus de 200 ans plus tard... en 1999 ! Cette année là, on effectue un prélèvement sur le coeur de l'enfant du Temple pour savoir si c'est là le fils de Marie Antoinette. Les scientifiques font ensuite des testes d'ADN (comme pour la Grande Duchesse Anastasia) comparant le coeur de l'enfant avec des cheveux de Marie Antoinette.
Les résultats sont positifs.
L'enfant du Temple est bien le fils de Louis XVI et de Marie Antoinette.
Louis XVII est bien mort à l'âge de 10 ans de la tuberculose dans la prison du Temple, victime de mauvais traitements.

L'un des derniers mystères de l'histoire est enfin élucidé.