Depuis quelques années, le Pape et ses évêques étaient de plus en plus critiqués. On leur reprochait de préférer les plaisirs et le goût du pouvoir à l’enseignement de la Foi.
L’invention de l’imprimerie permit de diffuser partout en Europe ces critiques. Un moine allemand, appelé Martin LUTHER finit par ne plus être d'accord du tout ni avec le Pape ni avec les enseignements de l'Église. Il créa sa propre religion : le Protestantisme.
Il pensait que les prêtres étaient inutiles et refusait l’autorité du Pape. Il était surtout choqué par le système des Indulgences qui permettait aux croyants, en échange d'une forte somme d'argent, de réduire le temps que passerait leur âme au Purgatoire après la mort. Ces Indulgences étaient vendues par l'Église.
La pensée de Luther se développa surtout dans le Nord et dans l'Ouest de l'Europe.

A Genève, un homme appelé Jean CALVIN était également en désaccord avec la religion catholique. Et il compléta par ses réflexions la religion de Martin Luther et l’introduisit en France sous le règne de François Ier.
Il pensait que chacun était prédestiné depuis sa naissance à aller au paradis ou en enfer. De nombreux Français parmi les riches seigneurs abandonnèrent alors la religion catholique pour se convertir à ces idées. On les appela les Protestants ou les Huguenots.
La France fut bientôt partagée en deux camps : les Catholiques d'un côté et les Protestants de l'autre. Ceux-ci devenaient de plus en plus nombreux avec de puissants seigneurs à leur tête. Les deux camps qui divisaient parfois des familles entières, se détestaient et n'hésitaient pas à se massacrer.
Les Protestants étaient considérés comme des hérétiques et à cause de cela les Catholiques les pourchassèrent. Ces derniers voulaient empêcher les Protestants de célébrer leur culte. Craignant également qu'ils répandent leurs idées, les Catholiques firent en sorte qu'ils n'occupent pas certains emplois. Pour se venger, les Huguenots n'hésitèrent pas à massacrer des prêtres et à saccager des églises, gestes qui ne furent pas laissés impunis par les Catholiques, qui à leur tour tuèrent des Protestants. 
Ces guerres de religion durèrent quarante ans et ne prirent fin qu'à la signature de l'Édit de Nantes en 1598.

Les Rois de France face aux Huguenots

Le roi François Ier toléra cette nouvelle religion mais son successeur Henri II prit des mesures très énergiques contre les Protestants.
Après la mort du roi Henri II, (mort en recevant une lance dans l’œil lors d’un tournoi), son fils François II monta sur le trône.  Les trois fils d'Henri II (François, Charles et Henri) allaient se succéder sur ce trône. François II était très jeune (il avait alors 15 ans) lorsque son père mourut et c’est sa mère, la fameuse Catherine de Médicis qui assura la Régence du Royaume. Elle était catholique et détestait les Huguenots.
François II mourut au bout d’un an de règne et c’est alors son frère Charles IX qui monta sur le trône. Il était lui aussi très jeune puisqu’il n’avait que 10 ans, et donc tout naturellement, Catherine de Médicis continua à assurer la Régence. De plus, Charles était malade de la tuberculose et n’avait plus toute sa tête. Les Protestants étaient de plus en plus nombreux dans le royaume - près d'une personne sur huit! à tel point que pour gouverner la France, il fallut désormais compter avec eux. C'est ainsi que Charles prit auprès de lui pour le conseiller le chef des Protestants: l'amiral de Coligny. Catherine était tour à tour tolérante et très intransigeante envers les Protestants. Elle maria sa fille Margot à un Protestant, mais le lendemain des noces elle poussa son fils Charles IX à ordonner les massacres de la Saint Barthélémy. Son fils lui donna son accord pour tous les tuer "tuez les, mais tuez les tous pour qu’il n’en reste pas un pour me le reprocher."
Et c'est ainsi que lors des fêtes célébrant le mariage de Margot et d’Henri, Catherine fit assassiner le chef des protestants l’amiral de Coligny. Son assassinat provoqua immédiatement un grand massacre des Protestants dans tout le royaume. Cette affreuse nuit là, le 24 août 1572, est restée dans toutes les mémoires sous le nom du Massacre de la Saint Barthélemy.
Deux ans plus tard, Charles IX mourut à son tour.

Son frère Henri III prit alors le pouvoir mais ne parvint pas à ramener la paix dans son royaume. Il était jaloux du succès de son cousin Henri le duc de Guise qui était le chef du parti des Catholiques ; on appelait son parti la LIGUE. Henri III le fit bientôt assassiner dans son château de Blois. Les Catholiques du royaume se soulevèrent alors et chassèrent Henri III de Paris. S'étant fait détester par les catholiques, il finit par se faire assassiner en 1589 par un moine catholique Jacques Clément.

Après la mort d’Henri III, la couronne passa à son cousin et beau-frère Henri IV qui était son parent le plus proche.
Or celui-ci était Protestant et il était hors de question, (depuis le sacre et le baptême de Clovis,) pour les Français d'avoir un roi non catholique. Pour accéder au trône, Henri dut conquérir son royaume. Bien conseillé par son ami Sully, il finit par se convertir quatre ans plus tard au catholicisme.

Henri IV put enfin entrer dans sa capitale.

Mais les guerres de religion ne prirent véritablement fin que lorsque Henri fit promulguer l’Édit de Nantes permettant à chacun de pratiquer sa religion comme il l’entendait. La religion officielle de la France restait le Catholicisme mais grâce à cet Édit, les Protestants étaient enfin libres de pratiquer leur religion comme ils l'entendaient en toute sécurité.
L'Édit de Nantes fut supprimé presque 100 ans plus tard par Louis XIV, le petit-fils de Henri IV.

De nombreux Protestants furent alors contraints de fuir la France ou de se convertir pour échapper aux violences des terribles Dragons du roi.