Après la mort de son père Philippe Auguste, Louis VIII eut fort à faire pour lutter contre les Albigeois installés dans le sud-ouest de la France. La croisade contre ces hérétiques avait déjà commencé du temps de son père et Louis, encouragé par sa femme, voulait en venir à bout.
Cette guerre d'une extrême violence ravagea le sud ouest de la France, du coté de Toulouse et d'Albi entre 1209 et 1229. Les Cathares, qu'on appelait aussi les Albigeois avaient fondé une religion basée sur la religion chrétienne. Mais les Cathares à la différence des Chrétiens refusaient les sacrements de l'Église. Ils considéraient que pour entrer dans le Paradis il fallait se faire baptiser par un Cathare et vivre dans la pauvreté. Ils se surnommaient eux-même les Parfaits, leurs adeptes étaient les "Bonshommes" et les "Bonnes femmes". De nombreux seigneurs se convertirent à cette religion qui connut bientôt un succès grandissant. Le Comte de Toulouse Raymond VI fut lui même soupçonné de sympathie à leur égard.
Le refus des sacrements de l'Église fut perçu comme une grave menace par le Pape qui déclencha contre les Cathares une guerre sainte : la Croisade contre les Albigeois.

Celle-ci fut conduite par l'effroyable Simon de Montfort qui mit à feu et à sang tout le Languedoc. Agissante de façon cruelle Simon de Montfort apportait avec lui la terreur. Il brûla vifs des milliers de Cathares dans d'immense bûchers et fit crever les yeux et couper la langue des habitants de villages suspectés d'abriter des Cathares. Convoitant les riches terres de Raymond VI, il le fit chasser et se fit nommer Comte de Toulouse à sa place...
Il reviendra au fils de Raymond, appelé lui aussi Raymond de lever une armée et de marcher contre Simon qui fut tué durant la bataille. Sa mort souleva une explosion de joie dans tout le Languedoc.

Sur ces entrefaites, Raymond VI et Philippe Auguste moururent laissant à leurs fils respectifs Raymond VII et Louis VIII le soin de continuer cette guerre.

A la tête de son armée Louis VIII marcha contre les Cathares; les unes après les autres les villes du Languedoc se soumirent à son autorité. Cependant, un beau jour, Louis VIII tomba soudainement malade, et décida de rentrer à Paris où l'attendaient Blanche et ses enfants. Faisant halte en Auvergne l'état du roi empira brusquement et il fut en quelques heures emporté dans la tombe, victime dit-on d'un empoisonnement des Cathares. Avant de mourir, il eut le temps de dicter ses dernières volontés dans lesquelles il confiait la régence de son royaume à sa femme adorée.

Il revint à Blanche de mettre fin à ce sanglant conflit commencé par son beau-père. Elle obtient la soumission de Toulouse en exigeant de Raymond la signature d'un traité de paix. En le signant, Raymond acceptait de purger son pays de l'hérésie cathare, de rester fidèle au roi de France et à l'Église catholique et surtout de donner sa fille Jeanne en mariage à Alphonse deuxième fils de Blanche. Le comté de Toulouse fut ainsi définitivement intégré à la couronne de France. Nombreux furent ceux qui abjurèrent alors leur religion cathare pour se reconvertir à la foi catholique.

Mais il restait néanmoins quelques Cathares. Ceux-ci entrèrent dans la clandestinité. Pour en venir définitivement à bout le Pape créa des tribunaux religieux. C'est ce qu'on appela l'Inquisition. Cette inquisition fut si dure envers eux que, soutenus par la population ils se révoltèrent une nouvelle fois contre l'Église et contre le roi.
L'ultime bataille eut lieu en 1243 sous le règne de Louis IX où, après le siège du piton rocheux de Montségur dans les Pyrénées, les 200 derniers Cathares furent brûlés vifs sur un bûcher.